水晶の発色原因は主に不純物の混入と放射線による結晶格子欠陥によるもので、主要構成元素によるものではない。紫水晶、黄水晶、煙水晶、黒水晶の発色原因はいずれも、不純物欠陥に電子（または正孔）が捕獲され特定のエネルギー準位をもつもの（色中心、カラーセンターという）で、紫水晶、黄水晶は鉄イオン、煙水晶、黒水晶はアルミニウムイオンが関連している。

紫水晶
紫水晶（むらさきすいしょう）は紫色に色づいた水晶。アメジスト (amethyst)、アメシストとも呼ばれる。紫色の発色はケイ素を置換した微量の鉄イオンによる色中心が原因と考えられている。尖っていて、細長く装飾品に使われる場合は研磨される場合が多い。
黄水晶
黄水晶（きすいしょう）は黄色に色づいた水晶。シトリン (citrine) とも呼ばれる。黄色の発色は紫水晶と同じように鉄イオンによる色中心が原因で、黄水晶と紫水晶の色の違いは色中心のエネルギー準位が違うと考えられている。天然の黄水晶の産出は少なく、市場に出回っている黄水晶のほとんどは紫水晶を熱処理して黄色にしたものである。黄水晶の薄い黄色はトパーズに似るため、シトリン・トパーズとも言われ、安価なトパーズの代用品として使われる。また、トパーズと偽って売られる場合もある。
紅水晶
紅水晶（べにすいしょう）は薄いピンク色に色づいた水晶。ローズクォーツ (rose quartz) とも呼ばれる。
煙水晶
煙水晶（けむりすいしょう、smoky Quartz）は灰色に色づいた水晶。ケイ素を置換した微量のアルミニウムイオンが特に多量の放射線を受けると色中心となり、光を吸収するため灰色に見える。受けた放射線の量が多いほど色が濃くなる。
黒水晶
黒水晶（くろすいしょう、morion）は不透明と言えるほど黒く色づいた水晶。色の濃い煙水晶との区別は、結晶構造が破壊されたもの、表面に透明感のないものなどと言われることもあるが、黒水晶と色が濃くなった煙水晶を区別する明確な定義は存在しない。アメジストに放射線照射をして色を付ける場合が多い。
レモン水晶
レモン水晶（レモンすいしょう）は硫黄により黄色に色づいた水晶。結晶の間に硫黄が入ったために黄色に色づいて見える。

[編集] 変わり水晶
山入り水晶
一度結晶成長が止まり、再度結晶成長をしたもの。中の結晶と外側の結晶の間に不純物が入り込むと結晶の境界が目で確認できる。このため、中に含まれる結晶の頭部が山のように見える。ファントムクォーツ（幽霊水晶）とも呼ばれる。
松茸水晶
成因は山入り水晶とほぼ同じだが、先に晶出した水晶の先端に外側の結晶が大きく成長し、まるでキノコのような形になった水晶。
ススキ入り水晶
水晶の結晶中に電気石などの柱状の鉱物がインクルージョンとしてあるもの。細い苦土電気石が入り込むとほのかに緑色にみえ、まさにススキのように見える。
草入り水晶
水晶の結晶中に緑泥石などの不定形な（あるいは草のように見える）鉱物がインクルージョンとしてあるもの。インクルージョンの形によって苔のように見えたり、毬藻のように見えたりする。インクルージョンが緑泥石のように緑色のものは、まさに草入りというにふさわしいものがある。
水入り水晶
水晶の結晶中に空洞があり、それが液体で満たされているもの。閉じ込められた液体は、水晶の成長当時の環境を保存していると考えられる。空洞中に液体と共に気泡が入っている場合があり、結晶を傾けると空洞中の壁に沿って気泡が移動するのを観察できることがある。
日本式双晶
日本式双晶 (Japanese-twin) は2個の結晶がξ面（(1122) 面）を双晶面として84°33′の角度で接合した、多くハート形の双晶 (twin crystal)。